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RNA綁定的DNA和蛋白相互作用: CHIRP

免疫共沉淀實驗(Chromatin Isolation by RNA Purification, CHIRP)是-種檢測體內(nèi)與RNA綁定的DNA和蛋白相互作用的方法，可同時分析IncRNAcircRNA、蛋白及DNA三者互作關(guān)系。

CHIRP實驗意義

IncRNA可與蛋白質(zhì)、DNA和RNA相互作用，實現(xiàn)多樣化功能，CHIRP可以探討IncRNA與其互作的DNA.蛋白質(zhì)的功能與作用機制，是相關(guān)科學(xué)研究工作的有力工具。IncRNA的研究在表觀遺傳調(diào)控等生命活動中發(fā)揮重要作用，CHIRP是研究

IncRNA的重要技術(shù)手段，可在全基因組范圍內(nèi)鑒定RNA與染色質(zhì)的互作，并對其進行定性、定量及定位的分析。

CHIRP實驗原理

CHIRP (Chromatin Isolation by RNA Purification)是通過結(jié)合生物素的核酸探針，將目標(biāo)RNA拉下來,與之共同作用的DNA染色體片段(DNA與蛋白質(zhì)復(fù)合體)就會被吸附下來，后可以通過qRT-PCR. WB.測序分析和質(zhì)譜分析等檢測RNA. DNA和蛋白質(zhì)。

CHIRP的實驗流程

①探針設(shè)計:設(shè)計反義穿核苷酸探針:

②細胞培養(yǎng);

③破碎細胞:

④生物素標(biāo)記的DNA探針與RNA雜交;

⑤CHIRP;

⑥RNA、DNA及核酸結(jié)合蛋白提取; .

⑦分析檢測。,

結(jié)果展示

實驗完成周期及交付標(biāo)準(zhǔn)

1.實驗周期: 1-3個月

2.交付標(biāo)準(zhǔn): CHIRP鑒定結(jié)果報告、分析報告、實驗報告(試劑、 耗材、實驗步驟)、原始數(shù)據(jù)等

實驗需與客戶確認的信息

1.目的基因與蛋白信息。

2.樣本類型與種屬

3.是否需要生信分析

參考文獻

[1]lyer S , Modali S D , Agarwal S K. The Long Non-Coding RNA MEG3 is an Epigenetic Determinant of OncogenicSignaling in Functional Pancreatic Neuroendocrine Tumor Cells[J]. Molecular and Cellular Biology, 2017:MCB.00278-17.

[2] Chu C , Chang H Y . Understanding RNA-Chromatin Interactions Using Chromatin Isolation by RNA Purification(ChIRP).[J]. Methods in Molecular Biology, 2016, 1480.

[3]ZhuJJ,FuHJ , Wu Y G , et al. Function of IncRNAs and approaches to IncRNA-protein interactions[J]. Science

China Life Sciences, 2013, 56(10):876-885.

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